Hoewel polyester naaigaren vele voordelen heeft, kent het ook enkele beperkingen die je in overweging moet nemen. Het meest in het oog springend is het gebrek aan ademend vermogen vergeleken met natuurlijke vezels zoals katoen of linnen. Dat maakt polyester minder geschikt voor zeer lichte, luchtige zomerkleding of kledingstukken waar comfort en ventilatie cruciaal zijn. Voor projecten waarbij huidcontact intens is en ademend vermogen prioriteit heeft, kan katoen of een katoenmengsel vaak comfortabeler aanvoelen.
Een ander nadeel is de esthetiek: polyester heeft vaak een iets glanzender, synthetischer uiterlijk dan mat katoen. Bij fijne couture of heritage-stukken wil je soms een minder glanzende, meer natuurlijke draad voor een authentiekere afwerking. Ook kan polyester bij verkeerde instellingen van de naaimachine of een te scherpe naald soms iets meer slip of glijden veroorzaken, waardoor spanningsaanpassing en tests op reststof nodig zijn om optimale steken te krijgen.
Tot slot is er milieutechnisch gezien een kanttekening: polyester is een synthetische kunststofvezel en is minder milieuvriendelijk dan natuurlijke vezels, vooral wanneer het niet gerecycled is. Voor milieubewuste naaisters kan dit een reden zijn om alternatieven te overwegen of te letten op gerecyclede varianten. Ondanks deze punten blijft het garen functioneel en handig, maar afhankelijk van je project en prioriteiten kunnen deze nadelen belangrijk zijn.